কলেজের সুষ্ঠু ব্যবস্থাপনা উন্নয়নের ধারা এবং উচ্চ মানসম্পন্ন আধুনিক শিক্ষার পরিবেশ বজায় রাখার লক্ষ্যে প্রতিষ্ঠাতাম-লী মোহাম্মদপুর প্রিপারেটরি স্কুল এন্ড কলেজ ট্রাস্ট গঠন করেন, যা সরকার কর্তৃক স্বীকৃতিপ্রাপ্ত এই ট্রাস্টি বোর্ডের অধীনে কলেজের বোর্ড অব গভনরস সকল কর্মসূচি বাস্তবায়ন করে থাকেন।
সভাপতি প্রফেসর ড. ম. তামিম (বি.এসসি, বি.ই, এম.টেক, পি-এইচ.ডি প্রফেসর, বুয়েট)
সদস্য জনাব মসিহ্-উর রহমান (বি.এস.সি ইঞ্জিনিয়ার ,মেকানিক্যাল), সাবেক প্রধান প্রকৌশলী ও কন্সালট্যান্ট
সদস্য ইঞ্জিনিয়ার এম.এ. গোলাম দস্তগীর ( বি.এসসি ইঞ্জিনিয়ার, কন্সালট্যান্ট)
সদস্য কর্লেল (অব:) গাজী কামাল উদ্দিন (পিএসসি, বি.এসসি-সিভিল), এফআইই)
সদস্য জনাব কাজী জামিল আজহার (বি.এসসি ইঞ্জিনিয়ার ,ক্যালটেক), এমএসসি ইঞ্জিনিয়ার (হার্ভার্ড)
সদস্য জনাব তৌফিকুল ইসলাম (তপন) ( চার্টার্ড একাউন্ট্যান্ট)
সদস্য জনাব আশফাক মালিক (বিবিএ ইন্টারন্যাশনাল বিজনেস, ইউনিভার্সিটি অব নর্থ ক্যারোলিনা (চারলোটে)
সদস্য জনাব হাসানুজ্জামান খান, বি.এসসি (অনার্স), এম.এসসি
বোর্ড অব গভর্নরস
প্রতিষ্ঠানে সরকার অনুমোদিত একটি দক্ষ পরিচালনা কমিটি রয়েছেন। এই কমিটি সৎ, নিঃস্বার্থ ও ন্যায়নিষ্ট ব্যক্তিবর্গের সমন্বয়ে গঠিত। পরিচালনা কমিটি নীতিমালা প্রণয়ন, প্রশাসন, প্রতিষ্ঠান সংক্রান্ত বিভিন্ন কার্যক্রম এবং গুরুত্বপূর্ণ বিষয়ে সিদ্ধান্ত গ্রহণ করে থাকেন।